在神秘委托者的招待下,小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡,没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团,也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时,如果不在时间内解开男子所出的谜题,小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 “你能了解失去心爱的人,是什么样的心情吗?工藤” 这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一?!这名男子的真正身份,难道是…… 就在同时,“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走(因为手上有炸弹而受到威胁,并非抓走)成为了人质,白马探也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是,当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时,却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德,居然也在此刻现身!柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们,将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近着,当大家就要解开所有的谜题时,却又出现了新的难题。柯南究竟会怎样??