与现实略有不同的地球，正遭受来自“红之世界”的侵略者Nightfly O'Note的威胁。
人类为了与之对抗，而设立了对相位外防卫机关LAG，并组成对Nightfly O'Note战斗单位Scared Rider，即使在过去的五次战斗中重蹈全灭的覆辙，依然继续战斗着。
不久之后，一名少女麻黄明以教官兼指挥官的身份前往LAG赴任，刚一到任，停止的Nightfly O'Note侵袭再度开始了。第六战斗单位Scared Rider Xechs的成员们，为了与明一同守护世界，而投身于战场。这是她与少年们的爱与友情与战斗的物语……
