巨大不明生物“祸威兽”不断地出现，已经成为日本习以为常的现象。这种生物通常兵器无力对抗，即将迎来极限的日本政府聚集了“祸威兽”专家，成立了“祸威兽特设对策室”通称“祸特对”。班长田村君男（西岛秀俊）、作战立案担当官神永新二（斋藤工）、非粒子物理学者滝明久（有冈大贵）、泛用生物学者船缘由美（早见明理)被选拔进入“祸特对”，执行任务。突然从大气外飞来的银色的巨人使危机加剧。为了处理银色巨人的问题，祸特对又新配置了分析官浅见弘子（长泽雅美）和神永携手处理。在浅见的报告书上这样写着——奥特曼（暂称），茫无头绪。
